资阳隔热条PA66 AlphaFold团队散场背后, 是卵白质AI发展的停滞

2026 年 7 月 29 日，Google DeepMind 驱散了征战 AlphaFold 的原班团队。过前年，AlphaFold 论文的大部分作家被调往 Gemini、酶遐想、基因组学和核聚变等相貌；部分东说念主转入 Alphabet 旗下的 AI 制药公司 Isomorphic Labs，约四分之的细致职使命者还是下野。个月前，AlphaFold 2 的主要征战者、诺贝尔化学得主 John Jumper 也文牍离开使命了近 9 年的 DeepMind，加入 Anthropic。

驱散的是围绕单任务成立的筹商团队，AlphaFold 相貌莫得被关闭。DeepMind 的解释是，公司正在更变往日 9 年以“要紧挑战”为中心的科研组织式，转而征战基于 Gemini、能够援手科学乃至自动实践部分科研过程的通用系统。

但此次转念仍然为 AlphaFold 的段历史划出了界线。2020 年，AlphaFold 2 在卵白质结构量度上取得压倒先；2024 年，Jumper 与 DeepMind 联创举东说念主 Demis Hassabis 因此共享诺贝尔化学。尔后发布的 AlphaFold 3 拓宽了模子能够处理的分子类型，却莫得再次带来同等幅度的跃迁。

牛津大学生示寂学讲师、AlphaFold 2 论文审稿东说念主之 Carlos Outeiral 在 8 月 5 日发表的篇著作中提议，AlphaFold 系列发展放缓，主要原因并非团队范畴、算力或般有趣有趣有趣有趣上的数据不及，而是复旧其到手的中枢法正在接近界限。

AlphaFold 2 吃掉了十年累积

在 AlphaFold 出现以前，蓄意机量度卵白质结构大要有两条路。

条是寻找结构还是明确的相似卵白，以其为模板修修改改。这种法可靠，却受到已知结构数目的甩掉。另条试图从物理法例开拔，在近乎穷的构象空间中寻找能量低的结构。由于能量函数毛糙、搜索空间过大，这条路恒久进展舒服。

2010 年代逐步熟练的共进化分析提供了三种观点。

卵白质折叠后，某些相距很远的氨基酸会在三维空间中相互斗殴。当其中个发生突变，另个通常也要出现赔偿变化，不然卵白质可能失去踏实结构和。经过漫前途化，成对出现的突变会在大齐卵白质序列中留住统计萍踪。

筹商者把同胞的数百万条卵白质序列罗列起来，就能从这些萍踪中测哪些氨基酸可能在空间中围聚。Outeiral 暗示：

“共进化是份礼物：进化花了 40 亿年，在每种卵白质上进行化实验，并在序列纪录中留住了说念轻细的统计影子。”

代 AlphaFold 还是把共进化分析与度学习结起来。AlphaFold 2 又通过 Evoformer 等模块，充分地索要多序列比对中的关联，把散的“斗殴”信息转动成卵白质的三维坐标。

图丨共进化如安在序列纪录中留住图章（起头：Substack）

2020 年的 CASP14 盲测中，AlphaFold 2 在贫困的批卵白质上取得了接近实验后果的准确度。些多年法理解的晶体结构，在模子量度后果的匡助下数小时内便得到责罚。随后，DeepMind 与欧洲生物信息学筹商所公开了过 2 亿个量度结构，往日需要数月以致数年才能取得的卵白质结构，酿成筹商者不错随时调用的资源。

AlphaFold 2 的到手很容易让东说念主产生种印象：模子还是学会了决定卵白质结构的物理法例。Outeiral 对此给出了严慎的刻画：

“模子看起来学会了生物分子相互作用的物理法例资阳隔热条PA66，试验上，它学到的主若是卵白质的谱。”

共进化信息匡助 AlphaFold 2 快速减弱了可能的结构范围，却莫得自动赋予模子套完竣的分子物理常识。当 AlphaFold 开动处理短少进化信息的新任务时，两者的分歧就露馅出来了。

模子会折卵白，却未懂分子

AlphaFold 2 主要回话“个卵白质是什么相貌”。2024 年发布的 AlphaFold 3 开动处理贫困的问题，包括卵白质如何与其他卵白质、DNA、RNA 以及药物小分子结。

AlphaFold 3 的架构发生了彰着变化。Evoformer 被 Pairformer 取代，负责生成三维结构的模块开动给与扩散模子，系统能够识别的化学对象也大幅增多。不外，模子获取信息的主要式莫得根底更变，它仍然度依赖卵白质序列中的共进化信号。

关于单个卵白质，共进化信号通常强。处理恒久共同演化的卵白质复物时，这些信号也能提供不少匡助。东说念主工成的药物小分子则不同：它们莫得共同先人，也不存在数百万个支属可供比对，因此不会在进化纪录中留住肖似的思绪。

小分子的化学空间又远比卵白质的基本组成复杂。卵白质主要由 20 种氨基酸组成，表面上的类药小分子数目却可达到 10^60 量。增多个甲基、更变个手中心或扭转根化学键，齐可能使化物的结才能收支数十倍乃至数百倍。

依靠卵白质序列中的进化信息，模子大约能够找到个看似理的结口袋，却未能够解释药物为什么插足这个口袋、以什么姿态停留，以及这种结是否实足踏实。

2025 年发表在《当然·通信》的项筹商提供了直不雅把柄。筹商东说念主员把卵白质 CDK2 结口袋中的要津氨基酸沿途替换成甘氨酸，以移除底本固定 ATP 的侧链；随后，他们又将这些氨基酸替换成体积较大的苯丙氨酸，塑料管材设备险些堵住统统这个词口袋。在这两种情况下，AlphaFold 3、RoseTTAFold All-Atom、Chai-1 和 Boltz-1 仍然倾向于把 ATP 放回原来的位置。

这项实验不行阐扬模子的统统量度齐来自记念，却证实较低的结构差错和较的置信度，并不虞味着模子知晓了促成结的物理原因。AlphaFold 官培训贵寓也承认，AlphaFold 3 主要量度静态结构，法充分刻画生物分子在溶液中的动态步履，无意还会生成相互重复、发生空间突破的原子。

Outeiral 把这种现象比作“名拿着短语手册的旅客”：他在好多时分能够拼出有效的句子，却也可能在基本的语法上出错。

三代模子之间，步子变小了

总体而言，AlphaFold 系列并莫得罢手跳跃。AlphaFold 3 还是能够统处理多种生物分子，在抗体遐想和部分卵白质—配体量度任务中也彰着于上代。它发布后，Chai、Boltz 和 OpenFold 等团队速即复现出能接近的模子，跳跃扩展了卵白质结构量度和遐想器用的范围。

仅仅，AlphaFold 2 之后的进展多体现为任务界限的延伸和贫困样本上的，很少再次出现统统这个词问题被片刻责罚的时刻。

Isomorphic Labs 在 2026 年公布了新的药物遐想系统 IsoDDE。公司称，IsoDDE 在门熟练目生卵白质—配体组的 Runs N’ Poses 基准上，将 AlphaFold 3 的准确率提了倍以上，同期增多了联姻和力和潜在结口袋量度才能。

图丨IsoDDE 在 Runs N’ Poses 基准测试中的推崇（起头：Isomorphic Labs）

外界现在只可看到 IsoDDE 的部分后果。Isomorphic Labs 莫得公开完竣的模子架构、权重和教师数据，筹商东说念主员因而难以判断能提高究竟来自算法修改、有实验数据，如故后期加入的蓄意化学器用。

Outeiral 因此把 IsoDDE 称为“接近 AlphaFold 3.5，而非次确凿的跨越”。这评价仍有盘问空间，却准确指出了往日几年技艺变化的措施：AlphaFold 1 到 AlphaFold 2 的升改写了卵白质结构量度，AlphaFold 2 之后的模子则主要在扩展量度对象、修补造作和提贫困样本的准确度。

共进化带来的红利仍然存在，仅仅容易索要的部分还是被模子充分诳骗。继续增多算力、参数和相似结构，法自动补上进化纪录中从未保存的信息。卵白质如何畅通、如何从条肽链舒服折叠成捣毁构，以及药物为何与它结，齐莫得完竣地写在序列谱中。

下步要回到物理和实验室

卵白质 AI 接下来可能沿着两条相互补充的道路前进。

条道路是把物理敛迹入地镶嵌模子。生成模子不错提议些许看似理的结构，再借助能量函数、分子能源学或化学礼貌，摒除原子碰撞、造作手和不踏实构象。Boltz-2 等模子还是开动在扩散过程中加入物理引，不外现存的分子力场雷同仅仅对确凿宇宙的近似，还不行充任可靠的判断措施。

另条道路是主动出产进化莫得留住的数据，尤其是同期包含三维结构、联姻和力以及失败样本的密集实验数据。

英国 Diamond Light Source 牵头的 OpenBind 相貌，正在诳骗自动化化学和通量 X 射线晶体学成立洞开的卵白质—药物数据集。2026 年 5 月公布的批数据，包含 699 种化物产生的 925 个晶体结事件，其中 601 种化物还带有亲和力测量后果。

这类数据出产老本、速率慢，却能告诉模子，次微小的化学修改究竟更变了什么。越来越多 AI 制药公司也在成立肖似的数据金钱，仅仅这些企业通常不会公开有价值的实验后果。

常识能否继续流动，也开动影响这域的跳跃速率。AlphaFold 2 发表时，DeepMind 给出了堤防的补充材料和完竣的理代码，外部筹商东说念主员得以快速考证、修改和扩展模子。AlphaFold 3 初莫得发布代码与权重，后续洞开版块也受到许可证甩掉；到了 IsoDDE 阶段，前沿模子和教师数据跳跃插足买卖公司的闭塞系统。

因此，原 AlphaFold 团队的驱散并不代表这项技艺还是失败。准确地说，DeepMind 觉得，围绕卵白质结构量度组织起来的阶段任务还是完成，原团队成员不错转向通用科学 AI、卵白质遐想或接近药物研发的相貌。

组织完成了原来的任务，却不虞味着后续问题不错沿用同套谜底。正如 Outeiral 在著作末尾所写：

“共进化还是给了咱们险些统统它能够给出的东西。”

AlphaFold 还是责罚了它初要责罚的问题。如今，东说念主们开动条件同套模子解释分子的畅通、能量和相互作用，而这些谜底并莫得被进化事先写进卵白质的序列里。

参考贵寓：

1.https://couteiral.substack.com/p/coevolution-took-us-here-but-its

2.https://www.nature.com/articles/s41586-026-10328-7

运营/排版：何晨龙

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